Под ее руководством консерватория стала ведущим музыкальным вузом страны и культурно-просветительским центром республики. 

В 1994 году г-жа Аубакирова основала свою авторскую школу, работающую по современным образовательным методикам и технологиям.

В 1998 году по инициативе Жании Аубакировой в 1998 году организовано музыкальное агентство «Классика», которое с огромным успехом провело «Казахские сезоны во Франции», организовало концерты более чем в 25 странах, записало более 50 компакт дисков, более 20 музыкальных фильмов о казахстанских исполнителях.